Les fromages, en particulier le Comté, sont une source importante de protéines pour l'alimentation humaine.

Le Comté est un des fromages les moins salés ; il est riche en protéines mais aussi en minéraux, en particulier en calcium et en phosphore et aussi en oligo-éléments tels que le zinc et le cuivre. Sa teneur en vitamines B2 et B12 est aussi un atout santé. Par contre, il ne contient pas de lactose, et ne pose donc pas de risque d'intolérance sur ce plan. Sa teneur en matière grasse est élevée mais la composition de celle-ci est plutôt favorable à la santé ; de plus, du fait de la richesse en calcium du Comté, toute sa matière grasse n'est pas assimilée par l'organisme.
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Le Morbier est aussi une source importante de protéines, de calcium et de vitamines.
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Comté et Morbier étant des fromages au lait cru, ils contiennent une forte population microbienne naturelle qui semblerait interagir favorablement avec le microbiote intestinal humain.